Organisatorisch gliedert sich das Institut für Informatik in sechs Abteilungen und eine gemeinsam mit der GMD institutionalisierte Forschungsgruppe. Die räumliche, personelle und technische Ausstattung dieser Abteilungen ist geprägt durch die jeweilige inhaltliche Ausrichtung und die sich daraus ergebenden Bedürfnisse und Möglichkeiten.
Nach der Emeritierung von Prof. Dr. Wolfgang Everling, der das Institut für Informatik IV fast 20 Jahre lang geleitet hatte, ging die Leitung dieser Abteilung im Oktober 1996 an Prof. Dr. Peter Martini über. Hiermit verbunden war eine Neuorientierung der Aktivitäten im Bereich der praktischen Informatik der Abteilung IV: Standen früher Fragestellungen aus dem Bereich der Rechnerarchitektur im Mittelpunkt, so liegt jetzt der Schwerpunkt der Aktivitäten in Forschung und Lehre auf dem Gebiet der Rechnernetze und der Verteilten Systeme. Dem größeren Raumbedarf der von Professor Martini geleiteten Forschungsgruppe wurde bzw. wird durch bauliche Maßnahmen zur Schaffung zusätzlicher Nutzflächen und durch Zuordnung eines zusätzlichen Raumes Rechnung getragen. Nach Abschluß der Umbaumaßnahmen stehen weitere Büroräume für aus Drittmitteln finanzierte wissenschaftliche Mitarbeiter und ein Labor für experimentelle Arbeiten zur Verfügung.
Mit der Restrukturierung des Instituts für Informatik zum 1.1.2001 wechselte Prof. Dr. Christoph Strelen von der Abteilung II in die Abteilung IV. Diese Bereinigung der Abteilungsstruktur, die auch mit einem Wechsel von Prof. Dr. Norbert Blum ("Diskrete Algorithmen") in die Abteilung V verbunden war, trägt der inhaltlichen Nähe der von den Professoren Martini und Strelen geleiteten Arbeitsgruppen Rechnung, indem sie die Gebiete "Rechnernetze und Verteilte Systeme" (Prof. Martini) und "Betriebssysteme und Stochastische Modellierung" (Prof. Strelen) in einer organisatorischen Einheit zusammenführt.